Di Kabupaten Raja Ampat, terdapat 88 kampung dan 10 distrik, yang merupakan daerah pemekaran Kabupaten Sorong. Luas wilayah Kabupaten Raja Ampat mencapai ± 46.000 km2. Sebanyak 6000 km2 adalah daratan, 85% sisanya adalah lautan. Kurang lebih ada 610 pulau. Hanya sekitar 35 pulau saja yang berpenghuni, dan sisanya belum berpenghuni. Akan tetapi sebagian besar dari pulau - pulau tersebut sudah memiliki nama. Ada 4 gugusan pulau terbesar di sini, yaitu Pulau Misool, Pulau Salawati, Pulau Batanta, dan Pulau Waigeo.
Kepulauan Raja Ampat merupakan daerah yang termasuk dalam Segitiga Karang ( Coral Triangle). Coral Triangle adalah kawasan yang memiliki keanekaragaman hayati laut terkaya di dunia. Negara yang termasuk dalam Coral Triangle adalah Indonesia, Filipina, Malaysia, Papua New Guinea, Jepang, dan Australia.
Raja Ampat dianggap memiliki flora dan fauna terlengkap di dunia. Karang ( coral ) nya mencapai 537 jenis. Diperkirakan terdapat 1.070 lebih spesies ikan di Kepulauan Raja Ampat. Tentu saja ada ikan - ikan unggulan yang laku di pasaran. Contohnya ikan tuna, cakalang, tenggiri, kerapu, napoleon wrasse, kakap merah, teripang, udang, serta lobster yang melimpah ruah di sana. Maka dari itu, penduduk Kepulauan Raja Ampat sebagian besar berprofesi sebagai nelayan
Selain itu di sana juga dilakukan budidaya mutiara,dan rumput laut yang mampu menjadi komoditi ekspor, dan dijual ke Australia, Selandia Baru, Cina, dan Jepang. Ada pula penduduk yang mengelola perkebunan kelapa sawit dan kelapa dalam, di Pulau Pam, Kofiau, dan Salawati. Bahkan beberapa pulau mempunyai potensi pertambangan emas, batu bara, migas, nikel, dan lain - lain.